Naast de borrelia infectie kunnen ook nog andere infecties aanwezig zijn, zoals een bacterie, virus of parasiet. Met de teek als drager, boodschappenjongen. De diagnose Lyme is al moeilijk te stellen, maar het stellen van de diagnose met de co-infecties is zo mogelijk nog lastiger. Alleen een expert op dit gebied kan de juiste diagnose stellen.
Het aantal co-infecties in teken is schrikbarend hoog en het is dus niet uitgesloten dat een Lyme-patient met andere organismen geïnfecteerd zijn. patiënten die na een antibioticabehandeling geen verbetering laten zien, moeten dan ook gescreend worden op co-infecties. Helaas gebeurt dit nauwelijks.
De meest voorkomende co-infectie is de infectie met de Bartonella , de Ehrlichia en de Babesia .
Ook andere infecties kunnen door teken overgebracht worden zoals de FSME, de rickettsia , mycoplasmen, coxciella en de wohlbachia.